Il recente ritrovamento, in località Gerbo, di una bella ascia neolitica in pietra verde ha acceso l'interesse degli studiosi della preistoria verso il territorio di MORAZZONE. La sua scoperta lascia supporre che esso fosse frequentato dall'uomo tra la fine del V e gli inizi del III millennio a.C.
Cospicue sono le testimonianze epigrafiche di epoca Romana, mentre non ci sono molte testimonianze del periodo Medioevale.
Durante tutto il Trecento e la prima metà del Quattrocento, le vicende storiche di MORAZZONE sono nell'ombra; di quel periodo rimangono solo alcuni documenti frammentari.
MORAZZONE torna agli onori della cronaca dalla seconda metà del Cinquecento fino al terzo decennio del Seicento soprattutto grazie alla straordinaria figura di Pier Francesco Mazzucchelli.
Pier Francesco Mazzucchelli detto "il Morazzone" nacque nel luglio del 1573 e morì nel 1626. Il Mazzucchelli lasciò una traccia profonda nella storia della pittura realizzando una serie di pregevoli opere soprattutto nel territorio della regione padana e prealpina occidentale e, in particolare, nella singolare realtà storico-artistico-ambientale dei Sacri Monti.
Dagli scritti dei cronisti seicenteschi Tatto e Adamollo e dai verbali delle visite pastorali effettuate dai due cardinali cugini Carlo e Federico Borromeo veniamo a conoscenza di interessanti notizie riguardanti le vicende sociali, religiose e di costume di MORAZZONE. Ne emerge uno scenario assai tormentato, caratterizzato da una forte conflittualità e da gravi problemi di ordine economico, sanitario e ambientale.
A cavallo tra Ottocento e Novecento, particolare rilievo sociale assunse l'istituzione dell'Opera Pia Castiglioni, fondata da don Eugenio Castiglioni nell'ultimo decennio del secolo scorso, che provvide al ricovero, all'assistenza e alla cura gratuita o semigratuita di morazzonesi poveri e/o inabili, anticipando così, nella sua lungimiranza, un'esigenza fondamentale dei nostri tempi.
Dopo i rivolgimenti politici e sociali legati al contrastato periodo napoleonico (fine Settecento inizio Ottocento), MORAZZONE tornò, sotto l'Austria, a condurre una vita anonima e tranquilla e venne di nuovo alla ribalta della storia solo in occasione dello scontro armato combattuto il 26 agosto 1848 tra un piccolo contingente garibaldino e le truppe austriache.
Dopo il conseguimento dell'unità nazionale, il nostro paese confermò e consolidò, il suo ruolo, che continua tuttora, di piccolo centro ruotante attorno a Varese e Milano.
La relativa vicinanza con le principali vie di comunicazione che collegano Varese a Gallarate e a Milano, facilitò ai morazzonesi gli spostamenti, i movimenti, gli scambi, e quindi favorì la crescita economica e culturale del paese.
MORAZZONE ha vissuto senza particolari sconvolgimenti il passaggio, sicuramente non facile, da un'economia di tipo prevalentemente agricolo a una di predominante carattere artigianale e, poi, a una di tipo post-industriale. Ha assorbito inoltre senza grossi traumi il rilevante fenomeno immigratorio prima dal Veneto e poi dal Meridione, che ha contribuito in modo ragguardevole all'aumento della popolazione, passata dai 2000 abitanti circa del 1950 ai 4199 del 31 dicembre 1998.